¿Constructores de genomas?

Hace 16 años el mundo conoció al primer mamífero clonado: la oveja Dolly. Más allá del asombró o miedo que causó en su momento, la obtención de información en la biología molecular se ha acelerado a un ritmo impresionante debido al desarrollo de nuevas tecnologías, más eficientes, rápidas y accesibles.

Esto da origen a un inconveniente: ¿cómo analizar y comprender todo ese mundo de datos e información para detectar y resolver problemáticas biológicas? En la era auge de la construcción de genomas, investigadores combinan los avances de las ciencias genómicas y la maquinaria de cómputo para crear bases de datos de información biológica en un libro electrónico.

Especialistas de genómica computacional del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM guía a otros científicos hacia las profundidades de la naturaleza de un organismo. Su misión es auxiliar a los investigadores en los estudios de genes y genomas, además de modelar y predecir conceptos de la biología, como el comportamiento de una célula.

Uno de los mayores logros del equipo, encabezado por el doctor Julio Collado Vides, fue obtener la secuencia completa del genoma de la bacteria Escherichia colli, aporte publicado en 1997 en la revista Science, una de las más reconocidas en el medio científico. A la fecha, el proyecto central del grupo es la edición del libro electrónico de la fisiología de ésta y otras bacterias.

La genómica es el estudio de la totalidad de las propiedades del genoma: estructura, interacción y funciones de sus componentes. El genoma es el material genético de un organismo, y contiene toda la información necesaria para la creación y el desarrollo de ese ser y la transferencia de sus características de generación en generación.

El conocimiento derivado de las ciencias genómicas crece día a día. Tan sólo alrededor de Escherichia colli se generan aproximadamente 500 artículos científicos al año. “Es el organismo mejor conocido a nivel molecular. A partir de ella nació la biología molecular”, señala el científico universitario.

El grupo de genómica computacional revisa y conserva los datos plasmados en la literatura científica, que luego serán interpretados por otros investigadores.

“Somos curadores, leemos artículos y extraemos evidencias y descubrimientos, codificando toda esa información en una estructura computacional que permite representar las piezas de la célula y sus interacciones”, destaca Julio Collado.

Otros científicos se encargan de entender el significado de esos datos y obtener conclusiones, como explicar el por qué los humanos y las moscas son tan diferentes si su genoma coincide en un 60%; o el por qué varios integrantes de una familia desarrollan ciertos tipos de cánceres.

Frente a ese panorama, Collado Vides se pregunta cuál es el destino de la bacteria Escherichia colli, como subconjunto del conocimiento biológico que puede contribuir a la genómica del futuro. “Se sabe tanto de un solo organismo que el reto es integrar todo el conocimiento que los científicos generan para representar la complejidad biológica”.

Con la infraestructura de primer nivel con la que cuenta el Grupo de Genómica Computacional, sus miembros desarrollan métodos de predicción de redes de regulación, factores de transcripción y asociaciones funcionales entre los genes.

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